Til innholdet

Prosjektnummer

900398

Prosjektinformasjon

Prosjektnummer: 900398
Status: Avsluttet
Startdato: 04.11.2009
Sluttdato: 30.06.2014

International Collaborative Project to Sequence Atlantic Salmon Genome (ICPSASG)

Genomet ble publisert på den internasjonale laksegenom-konferansen, “2nd International Conference on Integrative Salmonid Biology” i Vancouver, Canada – 10. juni–12. juni 2014. Mer informasjon er tilgjengelig på egen nettside: http://www.icisb.org/atlantic-salmon-genome-sequence/.

Kartlegging av ulike arters arvestoff gir svært nyttig informasjon om deres biologi. For laks vil dette bidra til mulig langt raskere avlsmessig fremgang, økt forståelse for fysiologi, helse, ernæring osv. Siden prosjektets målsetting om å kartlegge arvestoffet med svært høy kvalitet ble oppnådd vil dette genomet fungere som referansegenom for laksefisk generelt.
The International Cooperation to Sequence the Atlantic Salmon Genome (ICSASG) er et internasjonalt samarbeid mellom forskere, næring og finansieringsinstitusjoner i Canada, Chile og Norge. Atlantisk laks er en viktig art ikke bare økonomisk, men også for samfunnet i disse landene og mange andre land i verden.
 
En bedre vitenskapelig forståelse av det genetiske fundamentet (genomet) til den atlantiske laksenvil være et viktig skritt for bedre utnyttelse og forvaltning av arten globalt.
Å fremstille en genomsekvens som:
1) identifiserer og fysisk kartlegger i rekkefølge alle genene i den atlantiske laksens genom
2) kan fungere som en referansesekvens for genomer fra andre laksefisk (ulike stillehavslaks, regnbueørret) og også mindre nære arter av laksefisk
Nytteverdien vil ligge på områder som avlsmessig fremgang ved at avlsarbeidet kan effektiviseres når genomet er kjent. Det vil også øke sannsynligheten for å finne frem til gensekvenser som kan nyttegjøres for å utvikle bedre vaksiner, optimalisere fôrsammensetning og forklare ulike sykdommer.

Samtidig vil økt kunnskap om laksens genom være viktig for å utvikle bedre forvaltningsregimer for ville laksestammer, blant annet ved å øke mulighetene for å registrere hvilke endringer som skjer i genomet ved naturlig seleksjon som følge av ulike påvirkningsfaktorer som klimaendringer, forurensning, rømt laks osv.
Prosjektet er gjennomført i flere faser, og pr utgangen av året 2014 er det fremdeles en del arbeid før alt er lastet opp og tilgjengelig. Selve genomsekvensen ble publisert på den internasjonale laksegenomkonferansen i Vancouver i juni 2014:
 
Prosjektet gjennomføres over flere trinn, ledet av en internasjonal styringsgruppe (ISC) med 3 medlemmer fra hvert land. Prosjektledelsen er lagt til GenomeBC i Canada. En internasjonal ekspertgruppe (ESC) er oppnevnt for å bistå med gjennomføringen, spesifikt for å utforme internasjonale anbudsdokument (RFP) (Request for Proposals) for de ulike trinnene.

Første fase av prosjektet er å fremstille en “grovkartlagt” gensekvens ved bruk av såkalt Sanger teknologi, den samme metoden som ble benyttet ved kartlegging av menneskets genom. Dette gjøres av Beckman Coulter Genomics i Massachusetts, USA. De vant anbudskonkurransen, etter evaluering av en uavhengig, internasjonal ekspertgruppe. I neste fase, som i hovedsak vil gjennomføres i 2011, skal denne gensekvensen “finjusteres” og arbeidet med å finne ut hva de ulike delene av genomet faktisk utfører påbegynnes. Denne fase 2 vil også settes ut på internasjonal anbudskonkurranse.
Ferdig kvalitetssikret gensekvens vil legges ut åpent i et internasjonalt gensekvens-arkiv. Det planlegges også formidlingsaktiviteter underveis, med målsetting om å bidra til at aktuelle aktører kan komme i posisjon til å utnytte genomet til felleskapets nytte.
keyboard_arrow_up