SporLaks: Industry-wide tracing of Norwegian farmed Atlantic salmon

Laks som rømmer er ansett som en miljømessig trusselfaktor overfor ville bestander av laksefisk. Derfor er det viktig at man kan både skille mellom vill- og oppdrettslaks i naturen og spore rømt oppdrettslaks tilbake til eieren.

Registrering av distribusjon av rogn fra bestemte foreldrepar til matfiskprodusentene, og deretter sporing av rømt fisk tilbake til sine foreldre og derfor eieren med bruk av DNA-markører er en måte å oppnå dette på. Optimalisert sett av svært robuste mikrosatellitt-DNA-markører er mye brukt for sporing i rettsmedisinske tester, og i dette prosjektet benyttet man laksens genomsekvens for å finne mikrosatellitt-markører som kunne lages til en test som er like effektiv og robust i laks.

Over 30 000 mikrosatellitt-sekvenser ble oppdaget i genomet og basert på strenge kvalitetskriterier, 81 primerpar ble testet. To multiplekser ble utviklet:
• MP10 med 12 markører og hittil 236 alleler observert, og
• MP11 med 10 markører og hittil 244 alleler observert.

Både simuleringer og empiriske tester ble gjennomført i prøver av kjent stamtavle for å teste tilordningspotensiale. Simuleringer viser til entydig tilordning som nærmer seg 100 % og de empiriske resultatene viser en 99.8 % tilordning av avkom til minst en riktig foreldrefisk med bruk av en av disse multipleksene (MP10).

Dessuten, ingen villfisk ble feiltilordnet til kjent oppdrettsforeldre. Optimalisering av vevsprøver innsamling protokoller og DNA-ekstrahering ble også gjennomført i prosjektet. Finneprøver lagret i sprit i prøveglass ferdig merket med strekkoder og kompatibel med automatisering i labben virker som en bra løsning. DNA-ekstrahering med “Chelex”-metoden ført til gode resultater med mikrosatellitt-genotyping, men hvis det er behov for langtidslagring av høykvalitets-DNA, så er andre metoder anbefalt. Med bruk av optimalisert lab-protokoller inkludert Q5 PCR-enzym (New England Biolabs) i kombinasjon med en hurtig 40 minutters PCR, kan en enkelt generere genotyper fra vevsprøver i så lite som fire timer. Selv om logistikken rundt implementering av DNA-basert sporing over hele næringen er en utfordring, virker sporing av rømt oppdrettslaks med mikrosatellitt-DNA-markører lovende.

 

DNA-basert sporing benyttes allerede av avlsselskap for sporing av avlsmateriale fra stamfisk til smolt og matfisk innen egen produksjonskjede. For implementering større deler av næringen vil den største utfordringen ligge på sikker og dokumentert logistikk.